Wenn die Blätter der bis zu 1,25 Meter großen Pflanze im Herbst absterben, beginnt die Erntezeit. Sie reicht bis in den April des folgenden Jahres hinein. Da die langen, dünnen Wurzeln sehr brüchig sind, werden sie behutsam mit Grabegabeln aus der Erde geholt. Aus verletzten Wurzeln tritt ein klebriger Milchsaft aus, der dazu führt, dass sie an Geschmack verlieren, austrocknen und nicht mehr so lange haltbar sind. In der 0°-Kühlzone von Miele Kühlschränken lassen sich unverletzte Schwarzwurzeln einige Tage lagern, in dem Bereich mit hoher Luftfeuchtigkeit (ca. 90 %) sogar bis zu vier Wochen, wenn das Laub vorher entfernt wurde.

In der Regel werden Schwarzwurzeln unter fließendem Wasser mit einer Bürste gesäubert und anschließend mit dem Sparschäler geschält – Gummihandschuhe verhindern milchsaftverklebte Finger. Wem das zu viel Arbeit ist, der kann die Wurzeln auch 20 bis 25 Minuten in mit Essig (und Kümmel) gewürztem Wasser kochen und danach mit kaltem Wasser abschrecken. Die Haut der Wurzel lässt sich anschließend leicht abziehen. Damit die geschälten und klein geschnittenen Stücke nicht braun werden, gibt man einfach etwas Mehl oder Zitronensaft in eine Schüssel Wasser und legt die Stücke bis zur Weiterverwendung hinein.

In Wasser, Milch oder Sahne gegarte und kurz in Butter gedünstete Schwarzwurzeln passen als Gemüse gut zu Möhren und Erbsen, aber auch als vegetarische Zwischenmahlzeit zu Äpfeln und Nüssen. Man kann sie sogar roh und gerieben zubereiten, als Salat mit Sauerrahm, Joghurt und/oder Mayonnaise, Zitronensaft und Blattpetersilie. Ein Hauch Meerrettich gibt dem Ganzen eine pikante Note.